Emiya Shirou egy fiatal mágus, aki a Homurahara Akadémián tanul Fuyuki Cityben. Egy nap az iskolában, az íjász klub takarítása után megpillantja a természetfeletti lények között folyó küzdelmet, akik részt vesznek a Szent Grál Háborúban. Egy olyan rituáléban, ahol a Mágusok ölik egymást a varázslataikkal, hogy elnyerjék a Szent Grált. Shirou csatlakozik a harchoz, hogy megakadályozza az ördöngösöket, hogy elnyerjék a Grált, és megmentse az ártatlan embereket. De minden balul üt ki, amikor egy titokzatos "Árnyék" elkezdi elszívni az emberek mágikus energiáját Fuyuki-ban...