Емія Широ — молодий маг, який навчається в Академії Хомурахара в місті Фуюкі. Одного разу після очищення Додзьо для стрільби з лука у своїй школі він мигцем бачить бійку між надлюдськими істотами та бере участь у Війні Святого Грааля, ритуалі, під час якого маги, яких називають Майстрами, борються один з одним зі своїми Слугами, щоб завоювати Святий Грааль. Шіро приєднується до битви, щоб перешкодити злочинцю завоювати Грааль і врятувати невинних людей, але все йде не так, коли таємнича «Тінь» починає без розбору вбивати людей у ​​Фуюкі...