A robbanásszerű leszámolást követően Godzillának és Kongnak újra össze kell fogniuk a világunkban megbúvó kolosszális, fel nem fedezett fenyegetés ellen, amely megkérdőjelezi létüket – és a miénket is.
Felismerve a fogságban tartott óriásmajom pusztító erejét, a hadsereg elkészíti saját harcképes mesterséges intelligenciáját, a Mecha Ape-et. Az első gyakorlati teszt azonban szörnyen rosszul sül el, így a hadseregnek nincs más választása, mint szabadon engedni a bebörtönzött óriásmajmot, hogy megállítsák a kolosszális robotot, mielőtt az elpusztítja Chicago belvárosát.
A különböző hátterű és személyiségű utasok összecsapnak, amikor a repülőgép, amelyen utaznak, a Csendes-óceánba zuhan. Rémálomszerű küzdelem kezdődik a túlélésért, miközben a levegőellátás kifogy, és minden oldalról veszélyek leselkednek rájuk.
Paul Atreides egyesül a fremenekkel, miközben bosszút áll a családját elpusztító összeesküvők ellen. Paul választás előtt áll, Chani - élete szerelme - és az ismert univerzum sorsa között, és megpróbálja megakadályozni a szörnyű jövőt, amelyet csak ő láthat előre.