Širo Emija je mladý mág, který navštěvuje akademii Homurahara ve městě Fuyuki. Jednoho dne po úklidu školního lukostřeleckého dódžó zahlédne souboj nadlidských bytostí a zapojí se do Války o svatý grál, rituálu, v němž proti sobě bojují mágové zvaní Mistři se svými Služebníky, aby získali svatý grál. Širo se do boje zapojí, aby zabránil zloduchovi získat grál a zachránil nevinné lidi, ale vše se zvrtne, když tajemný "Stín" začne ve Fujuki nevybíravě zabíjet lidi...