Poté, co se mu podařilo zachránit celou planetu a své přátele před všehoschopným zlounem Doktorem Robotnikem, mohl by si Sonic vzít trvalou dovolenou. To by ovšem nesměl existovat tajný vládní program označený „Projekt Shadow“ (tak letitý, že na něm pracoval už Robotnikův dědeček). Jeho výsledkem bylo stvoření Sonicova zlého dvojčete, tvora s neuvěřitelnou silou a schopností teleportace. A tenhle nezmar teď půjde oblíbenému modrému ježkovi po krku. Když Sonic pozná, že je Shadow nad jeho síly, rozhodne se v zájmu vyššího dobra spojit s tím, s kým by to za normálních okolností nikdy dohromady nedal – s Doktorem Robotnikem.
Vaiana, která zcela neočekávané obdrží žádost o pomoc od svých odvážných předků, se společně s Mauim a zcela novou posádkou vydává na pouť po mořských dálavách Oceánie do nebezpečných a dávno zapomenutých vod, kde na ni čeká dobrodružství plné nástrah, s jakými se dosud nikdy nesetkala.
Poté, co CIA zjistí, kde se nacházejí dva zběhlí špioni, kteří nejenže odešli ze sítě, ale stali se manželi, rozpoutá se v jejich zimní chatě v lesích peklo, které rozpoutá konsorcium mezinárodních špionážních organizací, jež usilují o „leteckou pilulku“, alias pevný disk, a které všechny podezřívají, že se ti dva mohli připojit k síti zběhlých špionů známé jako Alarum.