Píše se rok 2015, 15 let po události, která změnila celý svět - objevení jednoho z andělů. Z obřího Tokya zbyla jen malá pevnost Tokyo - 3, kde sídlí organizace NERV. Právě její vůdce Ikari je ten, který navrhl jedinou účinou zbraň proti andělům - Evangeliony, obrovské roboty. A právě ve chvíli, kdy na město zaútočí další anděl sem přijíždí i Ikariho syn Shinji, který je záhy postaven před nelehkou volbu a nedobrovolně se také stává loutkou na šachovnici mocných, kteří ani nevypadají, že jim jde o záchranu zbytků civilizace.