Kriminální drama Skrytá identita je zasazeno do Bostonu, kde státní policie vede válku s organizovaným zločinem. Tajný policista Billy Costigan je pověřen úkolem infiltrovat zločineckou síť, které předsedá boss Costello. Billy si brzy získá Costellovu důvěru, jenže je tu také Colin Sullivan, který pro změnu infiltroval policejní složky, aby tam získával pro zločinecký syndikát cenné informace. Sullivan stoupá po kariérním žebříčku a stává se významným členem Jednotky pro zvláštní vyšetřování. Životy obou mužů jsou hluboce ovlivněny prostředím, ve kterém se pohybují. Časem však vyjde najevo, že v systému je ještě hráč, který hraje na obě strany. Billyho i Colinova existence je rázem ohrožena a vystavena nepřátelské straně a oba muži musí vyvinout maximální úsilí, aby jejich identity nebyly odhaleny a oni zachránili svůj protějšek. A tím i sebe.