故事講述·確認於1999年9月9日零時9分9秒太陽系第10行星「拉美圖惑星」會最接近地球。住在東京郊外的某城市的初中生的少年·雨森始(雨森初)，由於從學校回家的時候在自己的家的電子鐵工所發生了的爆炸事故失去了父母。自己也被捲進爆炸，在住院處的醫院遇到神秘女性·雪野彌生(雪彌生)據說是叔父雨森所長在筑波山天文台的助手。 爆炸事故前後，在雨森始(雨森初)周圍開始發生奇怪的事件。出現謎一樣的神秘組織『1000年盜賊』。不久，雨森始(雨森初)知道雪野彌生(雪彌生)的真正身分是拉美圖派遣來引導地球的『1000年女王』。 並且命運的時刻「1999年9月9日零時9分9秒」，正在一刻一刻地迫近。