En 1999 tenemos al joven Hajime, que después de un accidente en el que queda huérfano es acogido por su tío. Pronto empezará a enamorarse de Yukino Yayoi, ayudante de su tío, pero lo que no sabe es que ella es en realidad Queen Millenia del planeta LaMetal. Su planeta amenaza con chocar contra la Tierra y destruir el mundo y ella ha sido enviada para ayudar a prepararse para una posible aniquilación del planeta. Ella se debe por completo a su planeta natal pero sus relaciones con los humanos empezarán a cambiar su puto de vista y se propone en secreto salvar a tantos como pueda, pero existen enemigos que no la dejaran actuar...