Анімаційний блокбастер про пригоди підлітків-мутантів із навиками ніндзя, заснованих культовому коміксі 1980-х. За сюжетом, родина черепашок-ніндзя фактично розпалася. Леонардо, який довгий час був лідером команди, пішов від своїх братів в джунглі Південної Америки в пошуках самого себе. Тут його знають як «Примару Джунглів», який карає лиходіїв і захищає місцевих жителів від бандитів. Через деякий час його знаходить Ейпріл О'Ніл, яка закинула журналістику та працює археологом. Вона розповідає Леонардо про те, що сталося за час його відсутності: Донателло заробляє гроші через Інтернет, Мікеланджело підробляє на дитячих святах, а Рафаель цілими днями спить та десь зникає вночі. Але команді знову доведеться об’єднатись перед обличчям надзвичайної загрози…