Strani eventi scuotono New York, e c'è bisogno più che mai delle valorose tartarughe ninja; purtroppo Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo sono alle prese con problemi personali, si sentono persi e abbandonati. Saranno Leonardo e Splinter a sobbarcarsi l'onere di riportare l'armonia in famiglia per il bene di tutti.