Ultraman Omega เล่าเรื่องของโลกที่ไม่มีทั้งยอดมนุษย์หรือสัตว์ประหลาดปรากฎตัวอยู่ จนกระทั่งวันหนึ่งมีมนุษย์ต่างดาวร่วงหล่นลงมจากบนท้องฟ้า พร้อมกับ 'โอเมก้า สลักเกอร์ (Omega Slugger)' บูมเมอแรงอวกาศสีแดงซึ่งเขาถือเอาไว้ในมือ กับชื่อของเขาที่หมายถึง 'ขั้นสุดยอด' แต่มนุษย์ต่างดาวที่ร่วงลงมาบนโลกได้เสียความทรงจำไป เพราะเขาถูก 'โอเมก้า (Omega)' มนุษย์ต่างดาวอีกตนหนึ่งลบความจำทิ้ง เพื่ออาศัยอยู่บนโลกมนุษย์ต่างดาวที่ร่วงหล่นลงมาจึงเข้ากลายร่างเป็นมนุษย์ และใช้ชื่อ 'โอคิดะ โซราโตะ (Okida Sorato)' เข้าอาศัยอยู่กับชาวโลก ที่ตัวเขาเพิ่งเคยได้พบเป็นครั้งแรกและพยายามทำความเข้าใจเกี่ยวกับมนุษย์ยักษ์นั้น เมื่อสิ่งมีชีวิตยักษ์ปรากฎตัวขึ้นบนโลก โซราโตะ ผู้ไร้ความทรงจำ ได้ระลึกถึงคำว่า 'สัตว์ประหลาด' ออกมาได้ เมื่อเขาพบกับสัตว์ยักษ์ตรงหน้า สัมผัสแห่งหน้าที่ของโซราโตะก็กำเนิดขึ้นในจิตใต้สำนึก ทำให้เขาสามารถแปลงร่างเป็น 'อุลตร้าแมนโอเมก้า (Ultraman Omega)