ในภาคนี้คองผู้ยิ่งใหญ่และก็อดซิลล่าผู้น่าสะพรึงต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามขนาดมหึมาที่ซ่อนอยู่ภายในโลกของเรา และยังท้าทายการดำรงอยู่ของพวกมันรวมถึงพวกเราด้วย
เมื่อเครื่องบินลำหนึ่งตกลงไปในมหาสมุทรแปซิฟิก ผู้โดยสารทุกคนจึงต้องเผชิญกับฝันร้ายในการเอาชีวิตรอด เมื่ออากาศในเครื่องบินกำลังจะหมดลงไป พร้อมกับอันตรายที่กำลังคืบคลานเข้ามาจากทุกทิศทาง
ฝ่ายกบฏเตรียมสู้กับกองทัพสุดโหดของมาเธอร์เวิลด์ จนเกิดสายสัมพันธ์ที่ไม่อาจทำลาย เหล่าฮีโร่ พร้อมตำนานที่จะถูกกล่าวขาน
การผจญภัยที่จะกลายเป็นตำนานของ พอล อะเทรดีส ที่เขาได้ร่วมกับ ชานี่ และเหล่าเฟรแมน ขณะเดียวกันนั้นเขาก็อยู่บนเส้นทางแห่งการแก้แค้นทุกคนที่มีส่วนร่วมในการทำลายครอบครัวของเขา พร้อมเผชิญหน้ากับทางเลือกระหว่างความรักในชีวิต กับชะตากรรมของจักรวาลทั้งมวล ขณะเดียวกันนั้นเขาก็ต้องหาทางป้องกันอนาคตอันเลวร้ายที่มีเพียงแค่เขาเท่านั้นที่มองเห็น