สิ่งมีชีวิตเทียม ที่รู้จักกันในชื่อ เคมี่ ถูกสร้างขึ้นโดยเหล่านักเล่นแร่แปรธาตุเพื่อจำลองสิ่งต่าง ๆ ที่มีอยู่บนโลก เช่นแมลง,สัตว์,คน,เครื่องจักร พวกมันถูกสร้างขึ้นจาก ศาสตร์แห่งการเล่นแร่แปรธาตุขั้นสูง ออกมาในรูปแบบของการ์ดพลัง จำนวน 101 ตัว โดยการ์ดแต่ละใบถูกเก็บรักษาไว้ที่ สถาบันนักแปรธาตุ เร็นคินอาคาเดมี่ อย่างแน่นหนา จนกระทั่งพวกมันถูกปล่อยออกมาโดยบุคคลลึกลับ และด้วยโชคชะตานำพา เด็กหนุ่มมัธยมปลาย อิจิโนเสะ โฮทาโร่ ได้เข้ามาพัวพันกับเหตุการณ์ครั้งนี้ จนได้รับเลือกให้เป็นมาสค์ไรเดอร์ และกลายเป็นนักแปรธาตุฝึกหัดไปโดยปริยาย เรื่องราวชีวิตบทใหม่ ของเด็กหนุ่มผู้อยากจะเป็นมิตรกับ เคมี่ ทุกตัวได้เริ่มขึ้นแล้ว GOTCHA and GO !!