Macross Delta เกิดขึ้นในปี 2067 แปดปีหลังจากเหตุการณ์ใน Macross Frontier เรื่องราวเน้นไปที่ Walküre ทีมไอดอลผู้มีความสามารถและ Delta Squadron ทีมนักบิน Valkyrie ที่มีประสบการณ์ซึ่งต้องต่อสู้กับ Var Syndrome ซึ่งเป็นปรากฏการณ์ลึกลับที่กำลังครอบงำกาแล็กซี ร่วมกับทีมนักสู้ Valkyrie ของ Aerial Knights อันลึกลับแห่ง Kingdom of Wind ภาพยนตร์เรื่องนี้รวบรวมฉากจากอนิเมะทางโทรทัศน์ด้วยฉากใหม่เพื่อบอกเล่าเรื่องราวที่แตกต่างออกไป