Molekylärbiologen Ian och hans laboratoriepartner Karen avslöjar starka bevis som i grunden kan förändra samhället så som vi känner det. I Origins driver tesen om att via ögats detaljrika och intrikata mönster, unik för varje individ på vår planet, kan vi hitta reinkarnerade själar. Filmen avslutas med en tvetydig, men ändå kraftfull slutsats. Den svarar inte på frågan den väcker, men sättet den frågar håller sig ekande kvar i huvudet.