„Порекло очију“ приповеда причу о др Ијану Греју (Мајкл Пит), молекуларном биологу који изучава развој ока. Након кратког сусрета са необичном девојком (Астрид Берже-Фризби), која нестаје без поздрава, он схвата да посао превише утиче на његов живот. Наставља своје истраживања и годинама касније, заједно са својом лабораторијском партнерком Карен (Брит Марлинг) долази до невероватног научног открића које има дубљи смисао и које компликује његова дотадашња научна и духовна убеђења. Путујући широм света, ризикује све што је икад знао да би доказао своју теорију.