În 2525, alianța militaro-teocratică a extratereștrilor, "Covenant" crede că oamenii sunt nedemni de zeii lor Forerunner, o civilizație străveche dispărută care a creat și locuit șapte structuri circulare gigantice: structurile Halo. Ei încep un război împotriva umanității. Un tratat de pace este încheiat, dar tensiunile sunt departe de a fi încheiate, iar coloniile umane exterioare rămân vulnerabile la infiltrarea clandestină a Covenant-ului. ONI (Office of Naval Intelligence) este, așadar, responsabil pentru desfășurarea operațiunilor de contraspionaj pentru a învinge Covenant-ul în propriul lor joc unitatea trebuie să se întoarcă acolo unde a început totul