26세기 인간과 외계 연합체 ‘코버넌트’간의 전쟁은 협정을 통해 종결된다. 그러나 ‘코버넌트’ 일방적으로 협약을 깨고, 인간이 살고 있는 행성 ‘세드라’에 치명적인 물질로 테러를 시도한다. 이에 슈퍼 솔저 부대는 인류를 위협하는 테러 물질이 있는 알파 헤일로 파괴를 위해 투입된다. 하지만 그곳에서 예기치 못한 외계 생명체의 공격을 받게 되고 절체절명의 위기에 빠지게 되는데… 그들은 무사히 임무를 완수하고 인류를 구해낼 수 있을까?