Welkom in de fascinerende wereld van Gensokyo, waarin youkai, dieren en sommige mensen leven, volledig gescheiden van onze wereld door een magische barrière. De enige toegangspoort tussen de twee werelden is het Hakurei-heiligdom. Reimu Hakurei is het meisje dat in dat heiligdom werkt. Telkens wanneer zich problemen met bovennatuurlijke oorzaken voordoen, gaat Reimu met haar vrienden op pad om de oorzaak te onderzoeken, weg te nemen en hopelijk Gensokyo in evenwicht te brengen.