Bienvenido al fascinante mundo de Gensokyo, en el que viven youkai, animales y algunos humanos, completamente separados de nuestro mundo por una barrera mágica. La única puerta de entrada entre los dos mundos es el santuario Hakurei. Reimu Hakurei es la doncella que trabaja en dicho santuario. Siempre que ocurren problemas de causas sobrenaturales, Reimu sale con sus amigos a investigar, eliminar la causa y, con suerte, restaurar el equilibrio de Gensokyo.