De Dezalg zijn terug met een nieuw wapen en staan ​​op het punt dit te testen op de verdediging van Megazone 23. In de overtuiging dat de oplossing hiervoor ook nieuwe wapens zouden zijn, besloot B.D. opnieuw op het laatste verdedigingsniveau van EVE. Omdat volledige controle over Megazone 23 een ongehinderde wapen ontwikkeling zou betekenen. Shogo, die nu is teruggekeerd naar zijn normale leven, wordt opnieuw door EVE opgeroepen om te helpen. Het naderende eindgevecht tussen alle betrokken partijen leidt tot de ontdekking van Eve's laatste geheim, A.D.A.M., wat voor iedereen catastrofale gevolgen kan hebben.