세일러문, 츠키노 우사기 일행은 잠시나마 평화를 되찾고 평범한 여고생으로서의 삶을 살고 있었다. 그러던 어느 날, 연인인 턱시도 가면 지바 마에가 미국으로 유학을 떠나고, 함께 전사로 싸웠던 치비우사도 미래로 돌아가게 되면서 우사기는 어딘지 모르게 자신만 남겨진 것 같은 외로움을 느낀다. 우사기는 마에의 배웅을 받으며 약혼반지를 받고 두 사람의 미래를 약속하는 순간, 마에가 누군가에 의해 사라져 버린다. 마에가 사라진 현실을 받아들이지 못한 우사기는 그 기억을 마음속 깊이 묻어두고 원래의 삶을 살아간다. 그런 와중에 세일러 갤럭시아가 이끄는 섀도우 갤럭티카가 갑자기 나타난다. 세일러 갤럭시아에 의해 세일러 전사의 힘의 원천인 '세일러 크리스탈'을 빼앗기고, 동료들이 차례로 사라져 간다. 게다가 적인지 아군인지 알 수 없는 '세일러 스타라이트'도 나타나면서 세일러 전사들과 우주의 평화는 크게 흔들리기 시작하는데...