고질라 X 콩, 이번에는 한 팀이다! ‘고질라’ VS ‘콩’, 두 타이탄의 전설적인 대결 이후 할로우 어스에 남은 ‘콩’은 드디어 애타게 찾던 동족을 발견하지만 그 뒤에 도사리고 있는 예상치 못한 위협에 맞닥뜨린다. 한편, 깊은 동면에 빠진 ‘고질라’는 알 수 없는 신호로 인해 깨어나고 푸른 눈의 폭군 ‘스카 킹’의 지배 아래 위기에 처한 할로우 어스를 마주하게 된다. 할로우 어스는 물론, 지구상에도 출몰해 전세계를 초토화시키는 타이탄들의 도발 속에서 ‘고질라’와 ‘콩’은 사상 처음으로 한 팀을 이뤄 반격에 나서기로 하는데…
NASA는 거대 유인원 아브라함을 모델로 힘과 규모에서 아브라함에 버금가는 기계 유인원을 설계한다. 하지만 첫 번째 실험 결과가 좋지 않게 나오자 미 국방성에서는 난폭한 기계 유인원을 막기 위해 감옥에 갇힌 아브라함을 석방하도록 지시한다. 한편 볼로드레츠카 외국 정보부는 기계 유인원에 핵탄두를 부착해 기계 유인원의 시스템을 교란시켜 미국 시카고를 날려버릴 계략을 꾸민다. 이를 막기 위해 NASA의 관계자들은 아브라함과 소통하는 방법을 통해 기계 유인원을 막으려 하는데....
황제의 모략으로 멸문한 가문의 유일한 후계자 폴. 어머니 레이디 제시카와 간신히 목숨만 부지한 채 사막으로 도망친다. 그곳에서 만난 반란군들과 숨어 지내다 그들과 함께 황제의 모든 것을 파괴할 전투를 준비한다. 한편 반란군들의 기세가 높아질수록 불안해진 황제와 귀족 가문은 잔혹한 암살자 페이드 로타를 보내 반란군을 몰살하려 하는데…