외계 생명체 ‘곤’의 공격으로 잿더미가 되어버린 지구. 남은 자들은 폐허가 된 지상을 떠나 지하 생활을 시작하고, ‘곤’이 땅으로 내려오는 순간을 노려 처치하려 한다. 한편 버려진 물건을 파는 보부상 ‘페이’는 ‘사사’와 몰래 지상으로 올라가지만 수많은 새끼 ‘곤’들에게 둘러싸인다. 때마침 임무 중인 특수부대 ‘블랙 이글’이 나타나고, ‘페이’는 인류 생존을 위해 자이언트 ‘곤’을 쓰러트리려는 최후의 작전에 합류하게 되는데…