리플리가 노스트로모호를 타고 에일리언과 접촉하기 30여년 전, 과학자 엘리자베스 쇼와 찰리 할러웨이가 스코틀랜드에서 선사시대 벽화를 발견한다. 이 벽화가 인류를 창조한 외계인들의 위치를 나타내는 지도라는 걸 깨달은 그들은 웨일랜드사가 꾸린 팀과 함께 탐사선 프로메테우스호를 타고 우주로 나아간다. 탐사대는 행성에 착륙하자마자 외계인들이 남긴 거대한 피라미드형 유적을 발견하고, 내부에서 죽은 외계인들의 시체와 마주친다. 엘리자베스는 죽은 외계인의 DNA가 인간의 것과 똑같다는 것을 밝혀내는데...