왕자 타미노는 폭군 자라스트로가 밤의 여왕의 딸, 파미나를 납치해갔다는 사실을 전해 듣는다. 파미나를 구하기로 결심한 왕자는 여왕으로부터 마술피리를, 동행자인 새잡이 파파게노는 요술종을 받아 악당의 소굴로 향한다. 하지만 그 곳에서 밤의 여왕의 말과는 달리 자라스트로가 의로운 철학자라는 사실이 밝혀지고 타미노는 그 일원이 되기 위해 여러 시련을 거치기로 약속한다. 파파게노와 함께 감옥을 탈출한 파미나는 마침내 타미노를 만나지만 침묵 수행 중인 그가 말을 하지 않자 버림받았다고 오해를 하게 되는데...