1560년, 스페인 원정대는 아마존 강 기슭에 있다는 황금의 도시 엘도라도를 향해 모험을 나선다. 아무도 가보지 않은 전설의 땅으로 가는 길이 험난해지자 피사로 장군은 우루수아를 대장으로 임명하고, 40명의 선발대를 뗏목에 태워 강으로 먼저 보낸다. 원정대와 선발대가 약속한 사전 조사 기간은 일주일, 하지만 엘도라도에 대한 강한 정복욕에 사로잡힌 아귀레는 대장 우루수아를 가두고 반란을 일으킨다. 배고픔과 질병, 식인종들의 습격 속에서 작은 뗏목은 커다란 광기에 휩싸이는데...