총잡이인 엘 토포는 어린 아들과 함께 사막을 횡단하다, 산적들에 의해 온 주민이 몰살당한 마을에 당도한다. 산적 두목의 여인이었던 마라와 사랑에 빠진 엘 토포는 그녀의 요구대로 사막의 총잡이들과 차례로 승부를 벌인다. 그러나 승부 도중 부상을 당한 엘 토포는 사막에 버려진다. 혼수상태에 빠진 그의 몸은 깊은 동굴로 옮겨지고, 오랜 시간이 지난 다음 깨어난다. 그곳에서 만난 난쟁이 여인과 함께 다시 마을에 나간 엘 토포는 수도승이 된 아들과 조우하고, 그들의 운명은 비극으로 치달아가는데...