Történetünk Nyaruko, egy alaktalan Cthulhu káosz istensége(Nyarlatohotep), aki képes felvenni egy átlagos emberi lánynak az alakját. Yasaka Mahiro egy átlagos high school diákfiú, akit üldözőbe vesz egy fekete űrlény, de Nyaruko megmenti. A lány elmagyarázza neki, hogy a H. P. Lovecraft műveiben valójában űrlényekről van szó és azért küldték őt a Földre, hogy megmentse őt tőlük. Végülis Mahiro Nyarukoval együtt még két másik Lovecraft élőlénnyel, Cthugha és Hasturral kerül össze.