剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。