NERV è stata attaccato dalla SEELE e Rei e diventa un tutt'uno con Lillith. Insieme con la Lancia di Longino e il completamento della serie EVA, Shinji deve decidere se l'umanità cesserà o meno di esistere. Lui dovrà decidere ora se vuole rimanere in vita o morire, ma la sua decisione influenzerà tutta l'umanità.