Залишившись після Четвертого удару без своїх Євангеліонів, Шінджі, Аска і Рей знаходять притулок в одному з осередків людства, які все ще існують на напівзруйнованій Землі. Там кожен з них живе своїм життям, зовсім не схожим на те, яке було у них, коли вони були пілотами Єви. Однак небезпека для світу не минула. На горизонті маячить новий удар — той, який виявиться істинним кінцем Євангеліона. Нарешті, проєкт «Інструментальність» запущено і тепер Землі належить останній виснажливий бій, щоб запобігти Останньому удару.