Μετά το τέταρτο αντίκτυπο, έσπασαν χωρίς τους Ευαγγελισμούς τους, οι Σίντσι, Άσουκα και Ρέι να αναζητήσουν καταφύγιο στα ερημικά κόκκινα ερείπια του Τόκιο-3. Όμως ο κίνδυνος για τον κόσμο δεν έχει τελειώσει. Ένας νέος αντίκτυπος εμφανίζεται στον ορίζοντα - αυτός που θα αποδειχθεί το αληθινό τέλος του Ευαγγελίου.