在与恩兹华斯的激烈战斗之后，众人获得了短暂的喘息空间。 伊莉雅一行人在救出美游之后，从平行世界的卫宫士郎口中得知美游的过去，以及在这个世界中发动的“圣杯战争”。 那不仅仅只是美游的悲惨命运，更是哥哥士郎为了美游而赌上性命，进行一场壮烈战斗的伟大故事。 为了拯救人类，恩兹华斯决定牺牲美游。 为了保护美游，士郎不惜与世界以及恩兹华斯为敌。 面对相互对立的两种正义…，伊莉雅立誓要找出方法，守护这一切！ 为了创造能与伙伴共同欢笑的未来，魔法少女们的战斗将再次展开。