清朝初期，康熙皇帝尚年少，奸臣当道，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南在一次行动中幸得韦小宝相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的《四十二章经》。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南找到了他，并派人监视他回到王宫。宫廷之内十分险恶，鳌拜欲篡夺皇位，而邪教组织神龙教也将真正的皇后软禁，让自己的圣女龙儿化装成皇后，伺机盗取《四十二章经》。机智的韦小永宝周旋于众人之间，并借假太后龙儿之手将鳌拜制伏。皇帝再封小宝为更大的官，小宝自此权倾朝野，继续做他的边缘人。