Поки Шреддер готує своє повернення за допомогою божевільного вченого Бакстера Стокмана, героям доводиться не тільки зіткнутися з новими мутантами Бібопом і Рокстеді, але і врятувати світ від інопланетного загарбника Кренга. Пліч-о-пліч із ними будуть боротися Ейпріл О'Ніл, Верн Фенвік, Кейсі Джонс і Майстер Сплінтер. Цього разу Мікеланджело, Донателло, Леонарду і Рафаелю попалися серйозні супротивники.