Фільм розповідає про першу в історії жінку-вчену Гіпатію, вона була філософом, математиком і астрономом. До її слів прислухалися правителі, її учнями були багато видних діячів, зокрема префект міста Орест. Єгипет, початок V століття нашої ери, місто Александрія. У цей час в місті почалися релігійні зіткнення, в результаті яких християнами була розграбована і знищена одна з багатющих бібліотек світу. Колишній раб Гіпатії Давус, таємно закоханий в неї, теж став християнином і приєднався до погромників...