Після того, як Мадока переписала всесвіт, пожертвувавши собою та своїми щасливими звичайними днями, щоб врятувати всіх дівчат-чарівниць від жорстокої долі, яка чекала на них, відчай все ще проявляється в створіннях, відомих як кошмари. Дівчина-чарівниця Хомура Акемі продовжує битися сама в надії, що вона знову зможе побачити посмішку Мадоки.