I en karusell, på ett tivoli befinner sig FBI-agenten Sean Archer med sin son. Ett skott smäller av och en kula avsedd för honom träffar istället hans son. Sean tar upp jakten, besatt av tanken att få fast mördaren. Den iskalla psykopaten och bombmannen Castor Troy skadas under jakten och faller i koma, bara minuterna efter sitt avslöjande; att han apterat och gömt en biologisk bomb, stor nog att utplåna hela San Fransisco. Klockan tickar, men ingen vet var... På regeringens order genomgår Sean en ny avancerad kirurgisk metod. Han byter skepnad - till mördarens ansikte.