Ett år har gått sedan Jim Button och hans bästa vän, lokföraren Luke, återvände från sitt farliga äventyr i Dragon City. Livet på ön Morrowland går sin lugna gång igen. Plötsligt samlas mörka moln över den lugna ön. Det ökända piratgänget "The Wild 13" har fått veta att draken Mrs Grindtooth har erövrats av Jim och Luke och nu svär de att hämnas. För att skydda Morrowland från ett annat hot ger de sig av med sina ångmaskiner, Emma och Molly, ut på en farlig resa. Där träffar de gamla vänner som prinsessan Li Si, Mr Tur Tur och Nepomuk och får nya vänner med Sursulapichi, en riktig sjöjungfru. På deras äventyr kan Jims mest brinnande önskan också gå i uppfyllelse: att ta reda på sanningen om sitt mystiska ursprung.