En jakt efter UFO, konstiga rymdvarelser och att Scooby och Shaggy får uppleva kärlek, gör detta till ett riktigt kosmos äventyr. Strandsatta i en ödelagd stad, upptäcker gänget ganska snart att det kryllar av flygande tefat och utomjordingar. Efter att ha blivit jagad av utomjordingarna och tillfångatagna ombord på ett UFO, händer någonting ännu underligare för Scooby och Shaggy. Båda två blir hals över huvud förälskade. Mysteriet leder till en super hemligt forskiningsbas där regeringen experimenterar, ett enormt nätverk av grottor finns gömda under staden. Våra hjältar som är förblinade av kärlek får tillsammans med resten av gänget ett tufft mysterium att lösa, och denna gång verkligen "långt borta".