У Мрачном Фениксу, X-Мен екипа се суочава са својим најстрашнијим непријатељем, који долази управо из њихових редова, Џин Греј. Током спасилачке мисије у свемиру, Џин је скоро убијена када ју је погодила мистериозна космичка сила, која ју је учинила бескрајно моћном, али и нестабилном при повратку кући. Џин која се отима контроли и повређује оне које највише воли, почиње да растура силу која држи X-Мен на окупу. Када породица почне да се распада, морају наћи начин да се уједине и, не само сачувају Џинину душу, него и спасу планету од ванземаљаца који желе да искористе њену моћ Феникса и завладају галаксијом.