Modrá planéta sa ocitla na pokraji skazy vinou intríg mocnej organizácie Cobra, ktorá má s G.I. Joe nevysporiadané účty. Aj pod novým vedením ostrieľaného Roadblocka majú elitní špecialisti z tímu G. I. Joe plné ruky práce. Nielenže stále horúčkovito pátrajú po nepriateľskej organizácii Cobra, ale musia tiež čeliť novej hrozbe – vodcovi Cobry Zartanovi a jeho kumpánom Storm Shadowovi a Fireflyovi sa totiž podarilo infiltrovať do vládnych kruhov, vďaka čomu teraz v jej mene nemilosrdne poľujú na všetkých členov G. I. Joe. Pred Bielym domom veje vlajka stelesneného Zla a len Roadblock a kapitán Duke majú šancu zastaviť ničivé besnenie najmocnejšieho protivníka, akého kedy mali. Našťastie majú na svojej strane i skutočnú bojovú legendu, generála Joea Coltona. Je len otázne, či budú skúsenosti muža, ktorý sa už naplno venoval odpočinku, stačiť na to, aby sa rovnováha síl natrvalo priklonila k G.I. Joe.