Vo chvíli, keď Doktor Robotnik osudovo uviazol na Hubovej planéte, stratil ježko Sonic jediného, naozaj schopného nepriateľa. A začal sa veľmi nudiť. Občas vypomôže polícii dopadnúť zopár „nepolapiteľných“ gaunerov, ale inak nemá svoju modrú energiu kde vybiť. Čo znepokojuje jeho kamoša šerifa Toma oveľa viac než škody, ktoré za neho musia platiť. Lenže vynaliezavý Robotnik dokázal nájsť spôsob, ako zo svojho hubového väzenia uniknúť a vrátiť sa na Zem. Navyše sa spojil s ježurou menom Knuckles, chlpatou červenou guľou plnou zloby a unikátnych schopností, ktoré sú podobné tým Sonicovým. Táto nebezpečná dvojka sleduje dva hlavné ciele. Prvým je pomstiť sa Sonicovi a druhým nájsť a ovládnuť nekonečný zdroj energie, ktorý by z Robotnika urobil vládcu celej planéty. Presile našťastie nebude Sonic čeliť sám, ale s podporou dvojchvostého lišiaka Tailsa, ktorý mu prišiel na pomoc z inej dimenzie, pretože ide naozaj o všetko.