Ash, Pikachu a jeho priatelia sa snažia zastaviť dvojicu zlodejov, ktorí sa skrývajú v kanáloch a uličkách Altomare, starodávneho vodného mesta. K dobrodružstvu sa pripoja aj dvaja noví legendárni Pokémoni, dvojica súrodencov menom Latias a Latios, ktorí slúžia ako strážcovia mieru a ochrancovia Soul Dew - neoceniteľného pokladu so záhadnou silou.