Príbeh o štyroch korytnačkách a jednom potkanovi, ktorí v kanále prídu do styku s neznámou chemikáliou a zmutujú. Neprirodzene narastú a zvýši sa im aj inteligencia. Potkan bol miláčikom japonského majstra bojových umení a v klietke sa naučil najrôznejšie pohyby, ktoré korytnačky naučil. Sám si hovoril Majster Splinter a svoje "deti" pomenoval Leonardo, Michelangelo, Donatello a Rafaelo. Korytnačky svojou znalosťou bojových umení pomáhajú ľuďom. Spriatelia sa s novinárkou April a čudáckym ochrancom zákona Caseym Jonesom, ktorý používa ako zbrane športové pomôcky. Spoločne korytnačky spôsobujú nemalé problémy ázijskému gangu, ktorý vedie tajomný Shredder a ten sa rozhodne korytnačky odstrániť.