Юрий Кушнерёв родился в Москве. В 1955 году окончил Калининское суворовское военное училище, в 1958 году - Краснознамённое военное училище имени Верховного Совета РСФСР, в 1972 году - режиссёрское отделение ВКСР. В 1958-1965 годах служил в Советской Армии. Начинал свою карьеру в кино в 1968 году как ассистент режиссёра и второй режиссёр. В дальнейшем стал режиссёром киностудии «Мосфильм». Снялся в нескольких фильмах. Был вторым режиссёром на фильме «Мимино». В 1990-х годах был продюсером и исполнительным продюсером всех фильмов Георгия Данелия и других режиссёров. Был директором киностудии «Ритм» киноконцерна «Мосфильм».