Milhares de anos após um misterioso fenómeno transformar a humanidade inteira em pedra, o extraordinariamente inteligente Senki Ishigami acorda. Neste novo mundo de pedra, Senku decide usar sua ciência para reerguer uma civilização à beira do colapso. Ao lado de seu superforte amigo de infância Taiju Oki, que acordou junto com ele, os dois começam a reconstruir o mundo do zero.