Após o suicídio da sua melhor e única amiga, Koito Nagase, Ai Ooto é deixada a lidar com a sua nova realidade. Sem nada pelo que viver, ela segue as instruções de uma entidade misteriosa e é levada a comprar um ovo, ou especificamente, um Ovo Maravilha. Ao quebrar o ovo num mundo que se materializa durante o seu sono, Ai é encarregada de salvar pessoas das adversidades que surgem no seu caminho. Ao fazer isso, ela acredita que deu um passo mais próximo de salvar a sua melhor amiga. Com esta oportunidade perigosa, mas tentadora, nas suas mãos, Ai entra num lugar onde deve reconhecer a relação entre os demónios das outras pessoas e os seus próprios. À medida que traumas passados, arrependimentos inesquecíveis e medos inatos eclodem no bizarro mundo de Wonder Egg Priority, uma jovem descobre as diferentes lutas internas que atormentam a humanidade e as resgata dos seus piores medos.